岐阜県東部，恵那盆地南縁の丘陵先端の平坦面上に立地する奈良・平安時代の寺院跡である。地元では古くから基壇の高まりが知られており，古代寺院が所在することが知られていた。昭和５２年度から５４年度まで恵那市教育委員会の委託により南山大学が，平成５年度から１１年度まで市教育委員会が，それぞれ発掘調査を行った結果，伽藍配置や寺域などの概要が把握された。
　遺構は大きく２時期に分けられる。前半期は掘立柱建物の回廊で主要堂塔を囲み，後半期は回廊にかわって築地となる。西に塔，東に金堂が並び，その北に講堂を配する，法隆寺式の主要堂塔の配置は一貫して変わらない。寺院の創建は出土土器からみて８世紀前半から中葉である。後半期への変化は８世紀末ころと考えられ，９世紀後半に火災を受けて衰退し，１０世紀前半ころに完全に廃絶する。塔・金堂・講堂の基壇は乱石積みで，上面の礎石の保存状況は比較的良好である。瓦がまったく出土しておらず屋根は瓦葺きではない。金堂の建物は桁行３間，梁間２間の身舎に４面の廂がつく。廂の柱は身舎に対して放射状に配置されるという特異なものである。このような柱配置の建物は現存する建築遺構にも発掘遺構にもみられず，飛鳥時代の玉虫厨子に類例があるにすぎない。講堂の西側には経蔵の可能性がある１間四方の小型の基壇建物が配置される。後半期には主要堂塔を囲む築地区画の東側にもう一つの区画が並置されている。東西二つの区画は規模がほぼ同じであり，南辺は位置を揃えて一直線となる。東側の区画内には掘立柱建物１棟と竪穴住居２棟が確認されており，鉄滓，フイゴ羽口の出土から鍛冶工房が推定され，寺院の造営や維持管理等の施設と考えられる。区画の外側にも２棟の竪穴住居がある。
　出土遺物には，多数の須恵器のほかに三彩の短頸壺，二彩の浄瓶，鉄製の風鐸など注目されるものもみられる。仏具と考えられる瓶類や鉢・椀類や鉄釘もかなりある。
　当廃寺跡が所在する美濃東部の地域は，後期・終末期古墳や８世紀初頭までの初期寺院跡がみられず，有力な在地勢力の存在は明確ではない。この地域は東国への幹線となる古代の東山道沿いにあり，『続日本紀』にみえる８世紀初頭の東山道吉蘇路の整備や，同じ頃に推定される恵奈郡の成立といった，律令体制の確立・整備にともなってこの寺院が成立したとも考えられる。当廃寺跡はこのように主要伽藍の遺存状況が良好で豊富な出土遺物があり，東海地方を代表する古代寺院であるとともに，金堂は特異な様式であり建築史上も貴重である。よって史跡に指定し，保護を図ろうとするものである。