上ノ國八幡宮本殿は、北海道内に現存する神社建築としては最古の建造物とみられ、その建築年は元禄12年（1699年）と推定される。本殿の規模と形式は、一間社流造であり、屋根は緩やかな反りをつけ前面の向拝まで延びている。本殿の妻面の虹粱と大瓶束、母屋の木鼻などの絵様と刳形は張りのある洗練された意匠である。長く覆屋で保護されてきたことから、全体的に木部の風蝕が少なく保存状態も良好である。
以上のことから、上ノ國八幡宮は江戸前期の形態をよくとどめ、北海道における神社本殿として歴史的価値の高いものである。