耳取遺跡は，新潟平野東部の東山丘陵から派生する標高７６ｍの尾根上の平坦地に立地する縄文時代の３時期に及ぶ集落跡である。
縄文時代中期中葉の集落は丘陵の中央部に広がり，南北６０ｍ，東西７０ｍの南西部が開口する馬蹄形集落(ばていけいしゅうらく)を呈し，ヒスイ製大珠(たいしゅ)が２点出土している。後期前葉の集落は丘陵の中央部から西側にかけて広がり，直径１８ｍの中央広場を有する南北２００ｍ，東西１１８ｍの環状集落(かんじょうしゅうらく)となる。集落の北端と東端及び中央広場からは多数の人骨片が出土しており，墓域の存在も想定される。なお，この集落の規模は１６，０００㎡となり北陸地域では最大級になる。晩期後葉の集落は丘陵の東側に広がり，直径５０ｃｍの柱痕が確認できる直径１３０ｃｍの柱穴からなる亀甲形(きっこうがた)の掘立柱建物が多数認められ，南東部の斜面部には土器捨て場も存在する。
　このように耳取遺跡は，縄文時代中期中葉・後期前葉・晩期後葉の構造がわかる集落が一つの遺跡で確認できる，北陸地域では極めて稀有な遺跡である。