第二次世界大戦の末期である昭和２０年（１９４５）８月９日に長崎に米軍により投下された原子爆弾（以下，原爆と略す）の被害を伝える遺跡である。原爆により，長崎市街は南北約５ｋｍ，東西約２ｋｍの範囲で地上の構造物は全壊または全焼し，同年中に約７万４千人が死亡したと言われている。原爆が炸裂した空中点の直下である爆心地は，昭和２３年（１９４８）に初代平和宣言の舞台となり，その後爆心地公園となっており，原爆による被害を受けた地層が厚く堆積している。旧城山(しろやま)国民学校校舎は，鉄筋コンクリート造３階建てで，被爆による高熱火災の痕跡や原爆の衝撃波によるものと考えられる亀裂が見つかっている。浦上(うらかみ)天主堂旧鐘楼は，大正１４年（１９２５）完成の天主堂の塔の上にあったもので，被爆により天主堂北側の崖下の小川まで滑落し，現在まで位置を留めている。旧長崎医科大学門柱は，被爆により９ｃｍずれ，傾いたまま立っている。山王神社二の鳥居は，爆心地方向の柱は爆風によって倒れたが，反対側の柱は，一本柱になったまま自立している。以上のように，長崎原爆遺跡は第二次世界大戦末期における原爆投下の歴史的事実，核兵器の被害や戦争の悲惨さを如実に伝える遺跡である。