現存する護摩堂は小菅山別当大聖院の跡地にあり、一説に寛延３年（1750）の建立という。ただし、正徳5年（1715）に隠居した別当職５代恵照が、護摩堂を建立したという記録があることから、建築原型の年代はさらに遡ると推測される。天和2年（1682）の「領内寺社領並由緒書差出帳」には、護摩堂が記されておらず、延享3年（1746）作成の「小菅山古絵図並當時絵図」には描かれている。こうしたことから講堂は、恵照の代（1690～1715）に建立されたと考えてもよさそうである。