濃尾平野の西端に位置する古代美濃国の国府跡。国府の所在地については長らく不明であったが、垂井町教育委員会による発掘調査で判明した。国庁の遺構についてはⅠ期からⅢ期の変遷があり、桁行５間、梁行２間と推定される身舎に四面廂が巡る正殿を中心に、東西に脇殿を配する。これらは掘立柱建物から礎石建物へと建替えがあり、他には北、東、南面の区画塀、あるいは政庁跡南にのびる南北道路の側溝、幢竿状施設、政庁の東に広がる官衙施設等を検出している。
政庁東には、周囲を溝で区画し、規模は国庁とほぼ同規模と推定できる東方官衙地区と呼称している区域がある。内部には掘立柱建物跡や南北溝跡などがあり、美濃国府が機能していた時期の遺物が多く出土するなど、美濃国府の実務機能を担った官衙施設が建ち並んでいたと推定される。
美濃国府跡は主要な施設の配置関係がほぼ判明し、遺構の残存状況も良好である。国府の存続時期は８世紀の中頃から１０世紀中頃であり、国府の造営と変遷の実態を良く示すとともに、古代美濃国の政治情勢を知る上でも重要である。