上高津貝塚は、土浦市の西郊外、霞ヶ浦の西浦最奥部に流入する桜川の右岸に所在する縄文時代後期から晩期の集落跡である。
　遺跡は、標高２０～２２メートルの東西に起る丘陵の縁辺に位置し、径約１５０メートルの平坦面を囲むようにして５地点に貝塚が分布する。明治３３年（１９００）、表面採集資料による最初の報告が学界に登場した。昭和５年以降には、大山史前学研究所による発掘調査が実施されたが、このときの出土品及び記録類は第２次世界大戦の戦災によって失われた。その後、昭和２５、３３、３４年に慶応大学の発掘調査が実施されている。発掘は、貝層が分布する斜面に行われ、平坦部の縁辺に構築されたと推定される住居の設けられた区域及び集落の中央部については全く手つかずのままに保存されている。
　貝層は、１～１．５メートルの厚さで、淡水産のシジミを主体とし、ハマグリ・アサリ・カキなど海水産を含む。なお、貝層中に包含される魚骨の詳しい研究成果があり、魚の体長復元と回遊時期の推定によって、魚類による漁撈期を割り出す方法が示された。また貝層を構成する貝の日毎生長線（日輪）の観察によって早春から初夏にかけて全体の約７割の貝の採集が集中的に行われた事実を明らかにした。このことから、膨大な貝の堆積をもつ集落が、日々の食用のみでなく、乾貝など大量の保存加工を行った、いわば海産物加工場的な性格を帯び、内陸部への供給さえ用意されていたのではないかという仮説の根拠ともされたものである。
　発掘調査は、小範囲であるが、土器・石器・骨角器など豊富な遺物が発見されている。石斧・石鏃・玉類・石棒・石剣・骨針・貝輪・骨角製垂飾品類・土偶・土版・土製円板など種類も多い。また、貝層中の良く遺存されている獣魚骨類や自然遺物などは、当時の食料事情や生産活動及び自然環境などについての貴重な資料となるものである。