安政５年（１８５８）日米修好通商条約が締結され、ついでロシア、イギリスなどとも同様の条約が結ばれると、新潟は箱館（いまの函館）、神奈川（いまの横浜）等とともに開港することとなった。しかし、実施はおくれて明治２年（１８６９）に税関のための庁舎が完成した。当時建設された洋風木造庁舎がよく旧態をとどめている。史跡指定とあわせて、建造物として重要文化財にも指定された。

＜昭和５４年１２月＞　昭和４４年１月２０日史跡指定の際、土地問題未解決のため指定できなかった旧国有地（現市有地）にはもと税関の石造倉庫があったが、史跡指定の数年前解体されその石材等は現在新潟市が保管している。昭和５４年１０月、土地問題が解決したのを機に、この地を追加指定し、石造倉庫の復原をはかるものである。