京極氏遺跡は、滋賀県北東部の岐阜県との境に位置する伊吹山の南山麓に所在する戦国期北近江に勢力を張った戦国大名京極氏の城館遺跡等である。
京極氏は、近江の豪族で、近江をはじめ多くの守護職を得た佐々木氏の一族であり、南近江を領した一族の六角氏に対し、北近江を領し始祖氏信以来多くは山東町の柏原館を本拠とした。１５世紀末からの一族の内紛を永正２年（１５０５）に収めた高清は、柏原館を廃し、伊吹山南山麓の上平寺に新たに城館を築いたのである。城館は、大永３年（１５２３）の国人一揆により落城するまで、戦国大名の城館として北近江の政治・文化の中心として機能したのである。京極氏遺跡は、京極氏館跡、上平寺城跡、家臣団屋敷跡及び山岳寺院を軍事的に取り込んだ弥高寺跡から構成される。
館跡は、標高３４０ｍ余の山麓に位置し、上平寺館若しくは上平館と称され、その一角に当主の居住する館が６０ｍ×４０ｍの規模で遺り、奥に２箇所の池と巨石を配する庭園跡が所在する。なお、当地には古代に起源をもつ大谷寺（上平寺）が所在し、この遺構を活かして館として整備したと考えられている。また、弾正屋敷、隠岐屋敷、蔵屋敷、厩などの地名が残り、館跡の隣接地には伊吹神社や京極氏一族の墓所などが所在している。
　上平寺城跡は、標高６６９ｍの位置に主郭を設け、苅安城、苅安尾城、桐ヶ城（霧ヶ城）とも呼ばれる。遺構は、伊吹山から南に延びる尾根の先端に築かれ、南北約４５０ｍ、東西約１５０ｍの規模をもつ。最北部に大きな堀切を配し、土塁で囲まれた主郭を最高部に多くの曲輪が南に分布する。途中多くの堀切を配し、枡形に取り付く土橋も遺る。また、南端斜面に大小１１条の竪堀群が放射状に設けられている。
家臣団屋敷跡は、標高約３００ｍの場所に位置し、京極氏の家臣として組み込まれた北近江の国人領主であった若宮・加州・多賀・浅見・黒田など諸氏の屋敷跡で、高清の当地での築城の後、整備され、土塁を伴う屋敷群は、京極氏城館の西の防御を担ったものと思われる。発掘調査で、石垣の基底部や礎石などが検出されている。
　弥高寺跡は、山城跡と谷を挟んで西側の尾根上に位置し、標高約７１５ｍの本堂跡を最高所に南側一帯に坊跡を配する。仁寿年間（８５１－８５３）に僧三修が伊吹山に寺を開き、修験道の拠点となった伊吹山寺の寺跡の一部であり、１５世紀末に京極氏を中心として軍事的用途に使用されるようになる。大門跡と称される場所は、前面に障子堀状の空堀を巡らせ、巨大な土塁で枡形空間を構築し、本堂跡も三方を土塁で囲み、北側には巨大な堀跡が所在しており、寺跡を改変し、軍事的に利用していることがわかる。
京極氏遺跡については、江戸初期のものと思われる「上平寺城古図」（伊吹町役場蔵）が遺り、絵図と現在の遺構がよく照合される。なお、京極氏遺跡については、当地が近江と美濃の接点であったため、京極氏がいなくなった後は、浅井氏の勢力下となり、城跡等の土塁・堀等は、浅井氏や朝倉氏の改修の手が加えられているが、遺跡の基本的な形は保存されているものと思われる。
このように中世の北近江の戦国大名であった京極氏の館跡、山城跡、家臣団屋敷跡及び京極氏が軍事的利用に供した弥高寺跡が良好に残っていることは、我が国の戦国大名の在り方を知る上で貴重であり、よって史跡として保護しようとするものである。