箱館奉行所は安政元年（一八五四）三月に締結された神奈川条約（日米和親条約）第二条に基づいて同年六月に設置された。遠国奉行の一つで下田奉行次席である。明治元年（一八六八）四月に箱館裁判所の設置に伴い廃止された。
　箱館奉行所は奉行二名（うち一名は江戸在勤、安政三年以降三名）、支配向きには組頭、組頭勤方、調役、調役並などがあり、ほかに御雇（医師、通詞）などがおかれた。調役以下は蝦夷地、北蝦夷地（樺太）の各勤番所詰となるほか、箱館詰は各掛に配属された。本文書に関わる組織の概要は、以下のとおりである。
　一、箱館詰
　運上会所、築立地御普請掛・居留地築立掛・英館御普請掛・亜館御普請掛、町方掛・市中取締掛、地方掛、沖ノ口掛、産物掛など
　二、蝦夷地詰
　ヲタスツ（遠当守都）御用所・モンベツ（紋別）御用所……〈西蝦夷地〉シャナ御用所……〈エトロフ島〉
　三、北蝦夷地詰
　シラヌシ（白主）御用所、トンナイチャ（東富内、富内）御用所、ウショロ（鵜城）御用所
　箱館奉行所文書とは箱館奉行所および上記御用所で作成・受理された一群の文書をいう。五稜郭の箱館奉行所は明治二年の箱館戦争で焼失、このとき奉行所の府庫にあった文書類は灰燼に帰した。北海道立文書館保管の箱館奉行所文書は、蝦夷地、北蝦夷地の各御用所に残されていた文書群であり、維新後一括され、開拓使、札幌県・函館県、北海道庁と引き継がれ、のち北海道庁第一文庫等を経て北海道の所蔵（道立文書館保管）するところとなった。
　これらの中には箱館における諸外国との交渉に関わる文書類があり（英語、仏語などの原資料を含む）、箱館という地域においての欧米列強との関わり方をみる資料として興味深い。町方、地方に関わるものでは沽券地、拝借地など土地に関する資料が残されている。
　北海道アイヌに関してはオホーツク岸の紋別御用所文書が特に注目される。ここでは江戸幕府が積極的に行った改俗策やオムシャ（日本人がアイヌの人びとに対して行った撫育儀礼）の実態など対アイヌ政策を知ることができる。エトロフ島は北海道アイヌの文化が伝承される最北地である。この島のシャナなどにおけるアイヌ撫育政策の一斑、さらにはアイヌの人別帳などエトロフ・アイヌ研究上貴重な資料がみられる。また北蝦夷（樺太）のウショロ御用所文書中の山靼交易資料、シラヌシなどでのアイヌほかの異民族政策に関わる文書や人別書上など樺太アイヌ研究上も貴重なものなどがあり、北蝦夷におけるロシア人を含む異民族交渉のあり方を知る資料としても興味深いものがある。
　箱館奉行所文書は、北辺における幕末外交史史料として、また、アイヌ史研究のうえでも貴重な資料群である。