本願寺阿弥陀堂は，本願寺の境内中央，御影堂の北に並んで建つ。御影堂と阿弥陀堂の間は，門徒用の渡廊下と僧侶用の喚鐘廊下で接続されている。
　本願寺阿弥陀堂は阿弥陀如来像を安置する堂で現在の建物は宝暦１０年（1760）に建て替えられたものである。元和４年（1618）建立の旧堂に比較してはるかに大規模となった。
　桁行４５．２メートル，梁間４２．１メートルの平面は，御影堂よりひとまわり小さいが，真宗寺院の阿弥陀堂及び本堂としては我が国最大級の規模であり，各地に数多く建てられた大規模真宗本堂の範となった。
　畳敷の広い外陣や金箔や彫刻，彩色等で荘厳された内陣など，御影堂と良く似た姿を持つが，左右対称の平面，柱位置の調整や架構の工夫，禅宗様をふんだんに摂取した造形など，より発展した技法を具備している。技術と意匠において優れた独創性を示しており，真宗本堂の完成形として極めて高い価値がある。
　本願寺阿弥陀堂の建立により，御影堂と阿弥陀堂の壮大な両堂を並立させる本願寺の構えが完成し，渡廊下を介して両堂を多数の門徒が参拝する信仰形態が完成した。近世を通じて厚い信仰を受け続け，５０年ごとの大遠忌の度に伽藍を発展させてきた真宗寺院の様態をよく表しており，極めて深い文化史的意義を有している。