結晶質石灰岩からできている大滝根山カルスト台地上のドリーネから地下に吸い込まれた水は，台地の地下を通って標高560ｍの中腹から流出する。ここが入水鍾乳洞の入り口になる。洞内の水量は多く，甌穴や滝を形成しているところもある。水量が豊富なため浸食が進む一方，新たな炭酸カルシウムの沈殿が起こっており，鍾乳石，石筍など鍾乳洞特有の現象がよく発達する。鍾乳洞は総延長900mあまり。いくつかの観察コースが用意されている。

結晶質石灰岩ヨリ成レル瀧根カルスト台地ノ東側ヲ流ルヽ早稲川ノ水ガ一ドリーネヲ通シテ台地ノモトニ伏流ヲナシ石灰岩ヲ溶カシテ洞窟ヲ作リタルモノナリ　洞窟ハ台地ノ西側ニ開口シ夫ヨリ洞内ニ入ルヲ得洞内水甚ダ多クシテ急流ヲナシ所々ニ瀑布ヲ懸ケ又深キ甌穴アリテ跋渉ノ困難ナルコト他ニ多ク其ノ比ヲ見ズ
サレド鍾乳石石筍石柱石幕等ノ洞内沈澱物ハ割合ニ能ク保存セラルヽヲ見ル