摩尼院は，金剛寺の子院の一つで，中心伽藍の北に敷地を構える。室町時代前期には南朝の後村上天皇の行宮となり，有力な子院の一つであった。
書院は慶長期の建立と考えられ，正規の様式を示す書院建築として，昭和４３年に重要文化財に指定されている。
表門と築地塀は，摩尼院の東辺を画している。元禄年間の建立と考えられ，金剛寺における境内整備と同時期の遺構である。表門は薬医門で，金剛寺境内の同形式の門の中でも高い格式を有する。