長谷寺本坊は，国宝本堂と谷を挟んで相対する南の高台に位置する。本坊の創建は天正１６年（1588）とみられ、近世を通じて伽藍が整えられていたが，明治４４年に焼失した。
現在の建築群は，大正８年から１３年に再建されたものである。文化財の保存修理に携わっていた奈良県技師である天沼俊一，阪谷良之進，岸熊吉が派遣され，設計と工事監督を担当した。
長谷寺本坊の建築群は，焼失前の構成や形式を部分的に継承しながらも，配置や平面の計画、空間構成の要所に近代らしい合理性が導入されている。文化財保存を通じて熟知した様式をもとに近代の感性で創出された意匠や造形は優秀であり，高度に完成された近代和風建築として高い価値がある。